La Fiscalía se abstuvo de declarar el hecho como delito de lesa humanidad, ya que en principio no se configuran los requisitos del Estatuto de Roma sobre sistematicidad para hacerlo.
Plazas Acevedo fue condenado a 40 años de prisión por secuestro y homicidio del industrial Benjamín Khoudari. También fue vinculado por el secuestro del joven Wilson Martínez Quiroga ocurrido en noviembre de 1998.
Estando detenido se fugó de la Escuela de Artillería, en el sur de Bogotá en el 2003.
El militar retirado fue vinculado al proceso por las declaraciones que entregó a un juez de Justicia y Paz, el extraditado jefe paramilitar Diego Fernando Murillo, alias ‘Don Berna’.
Coronel Jorge Eliécer Plazas Acevedo implicado en el crimen de Jaime Garzón.
‘Don Berna’ también declaró que el ex subdirector del DAS, José Miguel Narváez, fue uno de los determinadores del homicidio y quien ‘influyó’ para que Carlos Castaño ordenara a la banda de sicarios la 'Terraza’ el asesinato de Garzón en Bogotá.
También tiene una orden de captura por el homicidio de los investigadores del Cinep, Mario Calderón y Elsa Alvarado.
Según el testimonio del extraditado jefe paramilitar, Diego Fernando Murillo, alias ‘Don Berna’ la información sobre los esposos Calderón Alvarado fue recibida por Castaño gracias a una investigación adelantada por miembros de la inteligencia militar del Ejército bajo el mando de Plazas Acevedo, quien se identificaba con el alias de ‘Don Diego’ y tenía su centro de operaciones en Bogotá.
La investigación dejó al descubierto una sofisticada organización criminal dedicada al secuestro de personas, que contaba con el apoyo del Grupo de Vigilancia y Seguimiento de la Sección de Inteligencia (B2) de la Brigada XIII del Ejército Nacional, del cual hacían para entonces parte el coronel Jorge Eliécer Plazas Acevedo (Jefe de la Sección de inteligencia, quien se hacía llamar Don Diego), el Teniente Alexánder Parga Rincón (Jefe de Grupo, quien se hacía llamar Camilo), el sargento segundo Guillermo Lozano Guerrero (Subjefe de Grupo, quien se hacía llamar Waterman o Waterlú), el Sargento Segundo Juan José Mosquera Romaña y los particulares Darwin Lisímaco Betancourt Muñoz y José Vladimir Rojas González (ex guerrilleros de las Farc, que se hallaban detenidos por la Fiscalía y colaboraban con la Brigada), entre otros.