La contaminación de las aguas, deforestación y la transformación del paisaje en municipios como Palermo, Íquira, Teruel, Tesalia y Yaguará, entre otros, han sido los problemas que deja la minería.
A lo anterior se suma la explotación de material de playa en los municipios del centro del departamento y en el propio río Las Ceibas de la ciudad de Neiva, que ha despertado en repetidas oportunidades el rechazo de la comunidad por la forma descomunal como se afecta el afluente.
La autoridad ambiental y la Policía han realizado algunos operativos y tienen procesos contra varias empresas explotadoras, que se amparan en el título minero para poder explotar a su antojo los recursos.